‘Oh, itu berbeda agamanya dengan kita, berarti dia boleh dibunuh’.”

Pendidikan adalah salah satu sarana untuk membangun karakterbangsa. 
Sejumlah lembaga pendidikan ditengarai telah mengajarkan intoleransi dan mengarahkan siswa untuk memiliki fanatisme terhadap ajaran agama tertentu.
Hal ini terjadi dari level yang paling dini sampai level perguruan tinggi.
Di Depok, ada anak TK dengan
spontan mengatakan, "Oh, itu
berbeda agamanya dengan kita, berarti dia boleh dibunuh".

Hasil survei Lembaga Kajian Islam
dan Perdamaian selama Oktober 2010 hingga Januari 2011 menunjukkan bahwa 49 persen
siswa di Jabodetabek (Jakarta, Bogor, Tanggerang dan Bekasi) cenderung setuju menempuh aksi kekerasan untuk menyelesaikan
masalah agama dan moral.
Upaya Komisi Perlindungan Anak Indonesia (KPAI) mendesak pemerintah untuk menindak tegas
sekolah yang mengajarkan fanatisme dan radikalisme agama, merupakan langkah tepat.

Tokoh agama Romo Franz Magnis Suseno mengatakan pendidikan ke arah toleransi harus dimulai.

“Di situ ada dua poin yang penting. Yang
pertama bahwa toleransi bukan berarti
mengatakan semua keyakinan sama dan
sebagainya. Dan yang kedua, belajar menerima
bahwa orang dengan keyakinan yang berbeda.
Nah yang dua hal itu yang harus diajarkan
pada anak [sejak] kecil,” ujarnya.